Zarząd Polskich Przygotowań Obronnych kieruje bieżącą działalnością oraz reprezentuje PPO w relacjach zewnętrznych.

Rada Ekspertów Polskich Przygotowań Obronnych jest głównym organem doradczym, który decyduje o kierunkach prowadzonych projektów oraz na którym spoczywa odpowiedzialność za merytoryczne opracowanie wdrażanych programów. Członkowie Rady Ekspertów reprezentują różne środowiska związane z prowadzeniem przygotowań obronnych Polski.

Polskie Przygotowania Obronne realizują projekty we współpracy z doświadczonymi partnerami, którymi są zarówno instytucje, organizacje oraz niezależni eksperci, którzy posiadają doświadczenie w zakresie przygotowań obronnych państwa.